Forschung

Kliniken/Institute:
Institut für Tiergenomik

Projektdetails:
Ziel dieses Projekts ist die Entwicklung und Anpassung KI-basierter Methoden zur automatisierten Annotation und funktionellen Interpretation von Single-Cell-Sequenzierungsdaten in Säugetieren. Der Schwerpunkt liegt auf der Adaption transformerbasierter Modelle auf multi-spezifische Datensätze aus Nutztieren und Modellorganismen. Durch die Integration von Single-Cell-Transkriptomdaten sollen robuste Modelle zur Zelltypannotation, Zustandsklassifikation und Vorhersage regulatorischer Effekte etabliert werden. Die entwickelten Ansätze werden auf Gewebe mit wachstumsrelevanten Prozessen angewendet, um KI-gestützt funktionelle Zellpopulationen und regulatorische Muster zu identifizieren. Ziel ist es, skalierbare Werkzeuge für die vergleichende funktionelle Genomik auf Einzelzellebene in Säugetieren bereitzustellen.

Kliniken/Institute:
Institut für Tiergenomik

Projektdetails:
Ziel dieses Folgeprojekts ist es, den Beitrag struktureller genomischer Varianten zur genetischen Architektur des Wachstums im Schweinemodell zu untersuchen. Der Schwerpunkt liegt auf der Identifikation und Charakterisierung von strukturellen Varianten mittels Long-Read-Sequenzierung und deren regulatorischen Effekten in nicht-kodierenden Genomregionen. Analysen in Tieren mit divergenten Wachstumsphänotypen sollen wachstumsassoziierte strukturelle Varianten und Selektionssignaturen identifizieren. Diese Varianten werden hinsichtlich ihrer Lage in regulatorischen Sequenzen, putativen Enhancern und Chromatin-Domänen untersucht und mit Genexpressionsdaten aus Wachstumsfugen verknüpft. Ziel ist die Identifikation funktionell relevanter nicht-kodierender Variation mit Einfluss auf wachstumsregulative Prozesse.

Kooperationspartner:

Prof. Tim Kacprowski, Leiter Abteilung Data Science in Biomedicine, Peter L. Reichertz Institut für Medizinische Informatik der TU Braunschweig und der Medizinischen Hochschule Hannover

Drittmittelprojekt: DFG (VIPER GKR)

Kliniken/Institute:
Institut für Pathologie

Projektdetails:
In diesem Projekt soll die Wirkung eines frühen (3 Tage post infectionem [dpi]) und eines späten (8 dpi) adoptiven Transfers von grün (GFP) und rot fluoreszierenden (RFP) T-Zellen auf die Mikroglia-Morphologie und transkriptomische Daten in TMEV-infizierten OT-I und OT-II Mäusen untersucht werden. Der Beitrag von CD8+ und CD4+ T-Zelluntergruppen zur Virusabwehr und zum Verlauf der klinischen Erkrankung wird untersucht, ebenso wie die allgemeine Pathomorphologie und Immunantwort mit besonderem Augenmerk auf die Mikroglia-Morphologie und transkriptomische Daten.

Kooperationspartner:

Institut für Neuroimmunologie und Multiple-Sklerose-Forschung der Universitätsmedizin Göttingen

Kliniken/Institute:
Klinik für Heimtiere Reptilien und Vögel

Projektdetails:
Charakterisierung Darmflora und deren Einfluss aus das Immunsystem bei Reptilien

Drittmittelprojekt: DFG, 45.000 EUR

Kliniken/Institute:
Research Center for Emerging Infections and Zoonoses

Projektdetails:
Glykoprotein-vermittelte Mechanismen der Immunabwehr von Pneumoviren bei Mensch und Tier

Drittmittelprojekt: DFG, 45.000 EUR

Kliniken/Institute:
Research Center for Emerging Infections and Zoonoses

Projektdetails:
Evolution und Ökologie von RNA-Viren bei kleinen Säugetieren

Drittmittelprojekt: DFG, 45.000 EUR

Kliniken/Institute:
Research Center for Emerging Infections and Zoonoses

Projektdetails:
Die Rolle des Fettgewebes als stilles Reservoir für die Replikation von Atemwegsviren

Drittmittelprojekt: DFG, 250.000 EUR

Kliniken/Institute:
Institut für Virologie

Projektdetails:

Drittmittelprojekt: DFG, 250.000 EUR

Kliniken/Institute:
Institut für Virologie

Projektdetails:

Drittmittelprojekt: Bundesamt für Naturschutz, 743.359 EUR

Kliniken/Institute:
Institut für Terrestrische und Aquatische Wildtierforschung (Büsum)

Projektdetails:
Marine Säugetiere nehmen als Topprädatoren eine entscheidende Rolle im Ökosystem ein, da sie u.a. marine Nahrungsnetze regulieren und erhalten, die biologische Vielfalt der marinen Umwelt fördern und insgesamt zur Aufrechterhaltung des ökologischen Gleichgewichts beitragen. Der Schutz ihrer Lebensräume und die Erhaltung der Biodiversität mariner Säugetiere ist von großer Bedeutung, und kann langfristig zum guten Zustand des gesamten marinen Ökosystems beitragen.
Vor dem Hintergrund zunehmender bzw. sich verlagernder Bestände von marinen Säugetieren, einer geringeren Lebenserwartung sowie der Zunahme an anthropogenen Aktivitäten, nehmen auch Gefährdungen sowie Konflikte durch Stressoren weiter zu, u.a. durch Fischerei (Beifang, Verstrickung, Überfischung, Habitatdegradierung), Schiffsverkehr (Lärm, Kollisionen, Verschmutzung), Offshore-Windenergievorhaben (Lärm, Habitatverlust, zunehmender Schiffsverkehr), Rohstoffgewinnung, Sand- und Kiesabbau oder Tourismus.
Zur Bewertung des Zustands sind wissenschaftlich belastbare Konzepte sowie qualitativ hochwertige Daten nötig, um Maßnahmen zu verabschieden, die in der Folge zu einem guten Erhaltungszustand der jeweiligen Populationen der marinen Säugetierarten führen. Damit diese Daten möglichst umfangreich, vergleichbar und flächendeckend zur Verfügung stehen, ist eine regionale Koordination des Monitorings und der für die Bewertung verwendeten Indikatoren unabdingbar.
Das Ziel dieses Forschungsprojekts ist es anerkannte Indikatoren auf Basis von belastbaren Daten zu entwickeln, um den Zustand der marinen Säugetiere in der Nord- und Ostsee sicher bewerten zu können. Diese Indikatoren sollen sowohl auf regionaler als auch auf nationaler Ebene festgelegt und koordiniert werden, was auch die Meeresstrategie-Rahmenrichtlinie (MSRL) vorgibt. Verschiedene Ansätze zur Beurteilung des Zustands der Biodiversität im Rahmen der MSRL werden auf internationaler, regionaler und nationaler Ebene entwickelt, verbessert und angeglichen. Die Indikatoren werden sowohl national als auch regional und international in Meeresschutzübereinkommen (für Deutschland relevant: Oslo-Paris Kommission (OSPAR) und Helsinki Kommission (HELCOM)) durch zahlreiche Gremien und Arbeitsgruppen (z.B. unter dem International Council for the Exploration of the Sea (ICES)) bearbeitet und verhandelt. Das ITAW übernimmt dabei führenden Rollen in diesen Gremien, u.a. als Leitung der Expertengruppen bzw. bei der Indikatorenentwicklung.
Das Projekt generiert somit Bewertungsmethoden, Modelle, langfristig verwendbares Grundlagenwissen und dringend benötigtes Wissen zu Handlungsmöglichkeiten, welches zur Umsetzung politischer und gesellschaftlicher Zielvorgaben zum Beispiel unter der (MSRL) benötigt wird.