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Genomics and Bioinformatics of Infectious Diseases

AG-Leiter

Prof. Dr. Klaus Jung

 

Mitarbeiter:

Moritz Kohls, M.Sc.

Robin Kosch, M.Sc.

Pamela Liebig, TÄ

Ihsan Muchsin, M.Sc.

Babak Saremi, M.Sc.

Christine Winter, M.Sc.

Inhalte unserer Forschung

Die Forschungsaktivitäten unserer Arbeitsgruppe gehen in zwei Richtungen. Erstens wenden wir vorhandene Bioinformatik-Methoden an, um Infektionskrankheiten auf verschiedenen 'Omics'-Ebenen zu analysieren, zum Beispiel um virale Sequenzen in Wirtsproben zu identifizieren. In diesem Zusammenhang arbeiten wir eng mit anderen Arbeitsgruppen der Tierärztlichen Hochschule zusammen, die ebenfalls im Bereich der Infektionsforschung arbeiten, einem der Forschungsschwerpunkte unserer Universität. Zweitens entwickeln wir neue bioinformatische und statistische Methoden zur Analyse von Daten aus Hochdurchsatzexperimenten (z.B. NGS, Microarrays, Proteomics).

Forschungsprojekte

GRK 2485 VIPER (Virus detection, pathogenesis and intervention)

The Research Training Group (RTG) ‘Virus detection, pathogenesis and intervention’ (VIPER, speaker Prof. Dr. W. Baumgärtner), funded by the DFG, aims at training next generation scientists to tackle complex health issues caused by emerging and re-emerging viruses using an inter-disciplinary approach. In the bioinformatics subproject we focus on robust algorithms for the analysis of next-generation sequencing data.

DigiStep (Digitalisierungsschritte von Lehrinhalten im Tiermedizinstudium)

In einem Teilprojekt von DigiStep, gefördert durch das Niedersächsische Ministerium für Wissenschaft und Kultur, entwicklen wir interaktive Grafiken als Lehrmaterial im Tiermedizinstudium. Diese interaktiven Grafiken basieren auf der statistischen Programmierumgebung R und der Plattform Shiny, können in einem Browser-Fenster angezeigt werden und vom Dozenten durch Steuerungselemente (Auswahllisten, Schieberegler, Anklickfelder, etc.) während des Erklärens verändert werden.

N-RENNT (Niedersachsen-Research Network on Neuroinfectiology)

From 2016 to 2018, our group participated in the Niedersachsen-Research Network on Neuroinfectiology (N-RENNT), funded by the Ministry of Science and Culture of Lower Saxony. In the subproject Bioinformatics we aim to identify virus sequences in sequencing data from host samples. For that purpose we use mapping approaches as well as unsupervised classification methods. In addition, we work on new methods for analyzing high-throughput transcriptomic data from DNA microarrays or RNA-seq experiments.

GlykoViroLectinTools (Etablierung von Lektin-Bibliotheken aus Mensch, Schaf und Stechmücken – eine neue Plattform für Bindungsstudien mit viralen Glykoproteinen am Beispiel des Rifttalfiebers)

GlykoViroLectinTools is a joint project with Prof. Stefanie Becker and Prof. Bernd Lepenies, funded by the German Research Platform for Zoonoses from 2017-2018. The Bioinformatics part of this projects concentrates on analyzing the amino acid sequences of lectins. Lectins play an important role in immune defense.

Lehrmaterialien

BestVet_Biometrie.zip

RKurs_Teil1.zip (06.06.2019)

RKurs_Teil2.zip (06.06.2019)

Softwaretools_Bioinformatics.zip (03.06.2019)

ZEN_Bioinformatics.zip (26.11.2018)

Anschrift
Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
Institut für Tierzucht und Vererbungsforschung
Bünteweg 17p
30559 Hannover
Geschäftszimmer
Institutsdirektor
Prof. Dr. Ottmar Distl
Tel.:+49 511 953-8875
Fax.:+49 511 953-8582
Labor für Molekulargenetik
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