Sie sind hier:

Genomics and Bioinformatics of Infectious Diseases

 

 

 

AG-Leiter:

Prof. Dr. Klaus Jung


Mitarbeiter:
Dr. Jochen Kruppa (Postdoc)

Robin Kosch (Doktorand)

Julien Glanz (Studentische Hilfskraft)

Anna Sternberg (Studentische Hilfskraft)

Christine Winter (Studentische Hilfskraft)

Inhalte unserer Forschung

Die Forschungsaktivitäten unserer Arbeitsgruppe gehen in zwei Richtungen. Erstens wenden wir vorhandene Bioinformatik-Methoden an, um Infektionskrankheiten auf verschiedenen 'Omics'-Ebenen zu analysieren, zum Beispiel um virale Sequenzen in Wirtsproben zu identifizieren. In diesem Zusammenhang arbeiten wir eng mit anderen Arbeitsgruppen der Tierärztlichen Hochschule zusammen, die ebenfalls im Bereich der Infektionsforschung arbeiten, einem der Forschungsschwerpunkte unserer Universität. Zweitens entwickeln wir neue bioinformatische und statistische Methoden zur Analyse von Daten aus Hochdurchsatzexperimenten (z.B. NGS, Microarrays, Proteomics).

Projekte, Publikationen und Software

Niedersachsen-Research Network on Neuroinfectiology (N-RENNT)

Our group participates in the Niedersachsen-Research Network on Neuroinfectiology (N-RENNT), funded by the Ministry of Science and Culture of Lower Saxony. In the subproject Bioinformatics we aim to identify virus sequences in sequencing data from host samples. For that purpose we use mapping approaches as well as unsupervised classification methods. In addition, we work on new methods for analyzing high-throughput transcriptomic data from DNA microarrays or RNA-seq experiments.

  • References and Software:

[1] Kruppa J, van der Vries E, Jo WK, Postel A, Becher P, Osterhaus A and Jung K (2017) kmerPyramid: an interactive visualization tool for nucleobase and k-mer frequencies. Bioinformatics, published online first [abstract], [R-package kmerPyramid].

[2] Kruppa J and Jung K (2017) Automated multigroup outlier identification in molecular high-throughput data using bagplots and gemplots. BMC Bioinformatics, 18:232. [abstract], [R-package gemPlot]

[3] Kruppa J, Lepenies B and Jung K (2017) A genetic algorithm for simulating correlated binary data from biomedical research. Computers in Biology and Medicine, accepted for publication.

Analysis of Lectin-sequences (GlykoViroLectinTools)

GlykoViroLectinTools is a joint project with Prof. Stefanie Becker and Prof. Bernd Lepenies, funded by the German Research Platform for Zoonoses. The Bioinformatics part of this projects concentrates on analyzing the amino acid sequences of lectins. Lectins play an important role in immune defense.

Set-based analysis of expression data

Global test procedures for gene or protein expression data perform a single hypothesis test on a set of molecular features instead of an individual test per feature. This procedure can idenfity group effects in a molecular subset, defined for example by a molecular pathway or another category. Global tests can also be used for integrating expression data from different molecular domains (e.g. mRNA and miRNA).

  • References and Software:

[1] Kruppa J, Kramer K, Beißbarth T and Jung K (2016): A simulation framework for correlated count data of feature subsets in high-throughput sequencing or proteomics experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 15, 401-414. [abstract].

[2] Bayerlová M, Jung K, Kramer K, Klemm F, Bleckmann A and Beißbarth T (2015): Comparative study on gene set and pathway topology-based enrichment methods. BMC Bioinformatics, 16: 334 [abstract].

[3] Jung K, Dihazi H, Bibi A, Dihazi GH and Beißbarth T (2014): Adaption of the Global Test Idea to Proteomics Data with Missing Values. Bioinformatics, 30, 1424-30. [abstract, R-package RepeatedHighDim]

[4] Artmann S*, Jung K*, Bleckmann A and Beißbarth T (2012): Detection of simultaneous Group Effects in microRNA Expression and related Target Gene Sets. PLoS ONE, 7, e38365. [abstract, R-package miRtest]

[5] Jung K, Becker B, Brunner E and Beißbarth T (2011): Comparison of Global Tests for Functional Gene Sets in Two-Group Designs and Selection of Potentially Effect-causing Genes. Bioinformatics, 27, 1377-1383. [abstract, R-package RepeatedHighDim]

Lehrmaterialien

Vorlesungsfolien:

 

ZEN_Bioinformatics.zip

SpringSchool_Bioinformatics.zip

Softwaretools_Bioinformatics_zip

R_course.zip

 

Interaktive Lernwerkzeuge für Analysemethoden für Hochdurchsatz Genexpressionsdaten. Die Tools können in einem Webbrowser in Kombination mit der freien Software R verwendet werden.

 

Gene set enrichment analysis, Differential analysis & vulcano plots, Microarray data normalization, Prinicple component analysis, Hierarchical clustering

Aktuelle Themenangebote für Bachelor- und Masterarbeiten

Aktuelle Themenvorschläge für Bachelor- und Masterarbeiten finden Sie here.

Anschrift
Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover
Institut für Tierzucht und Vererbungsforschung
Bünteweg 17p
30559 Hannover
Geschäftszimmer
Institutsdirektor
Prof. Dr. Ottmar Distl
Tel.:+49 511 953-8875
Fax.:+49 511 953-8582
Labor für Molekulargenetik
Schnell- & Themenzugriffe
Diese Seite