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Pferde Mikrosatelliten Marker
Das Institut für Tierzucht und Vererbungsforschung der Tierärztlichen Hochschule Hannover macht hiermit eine Liste mit 25.148 Pferde Mikrosatelliten Markern verfügbar, die in der 2. Pferdegenomsequenz (Broad Institute) identifiziert wurden.
Die folgenden Informationen sind in Tabelle S1 enthalten:
- ca. 400 Basenpaare der den Mikrosatelliten umschließenden Sequenz
- Pferdechromosom (ECA)
- Markername (Marker)
- Accession number (Acc. No.) mit dem Link zur NCBI nucleotide database
- Sequenzmotiv des Mikrosatelliten
- Markerlänge in Basenpaaren für einfache und zusammengesetzte Sequenzmotive
- BLAST Position des Mikrosatelliten auf EquCab2.0 in Basenpaaren
- Annealing temperature (Ta)
- GC Gehalt (GC%)
- Sequenz des Vorwärts- und Rückwärts-Primers
- PCR Produktgröße
- PCR Produktsequenz
- Position des Mikrosatelliten in der PCR Produkt Sequenz in Basenpaaren
- Information ob sich SINE- oder LINE-Elemente in der Sequenz befinden
- Ensembl Gen ID und/oder das Gen, wenn sich der Marker in der Region befindet
- Anzahl der Allele (Alleles),
- Beobachtete Heterozygotie (HET),
- Polymorphism information content (PIC),
- Anzahl der genotypisierten Pferde (n)
- Pferderasse
Komplette komprimierte Exceldatei
| einzelne Exceldateien für Chromosom |
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X,
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